此外，这种时候还会引起严重的病虫害问题，比如氮肥施用过多，就会使得植物的抗病虫能力减弱，从而导致作物极易遭到病虫侵害。
其次，大量施用化肥会加剧环境污染。
化肥中含有大量的化学制品，据目前的调查就已经明显可以反映出这种污染。
比如在京城、齐鲁、秦地等地的20个县600多个点位的抽样调查可以显示，在北方施用化肥较为密集的地方，20%的地下水硝酸盐含量超过国家饮用水硝酸盐含量限量标准，45%地下水硝酸盐含量超过主要发达国家饮用水相关限量指标。
由此可见，化肥对水资源的污染已经相当严重。而且，化肥中含有大量的重金属、酸根等物质，对环境的影响是深度的，也是多方面的，是人类难以预测到的。
再次，长期施用化肥会对土壤的结构和理化性质造成危害。
比如，长期施用化肥会增加土壤的重金属和有毒元素，无论是何种土壤，长期施用化肥都会造成土壤中的重金属元素的富集，比如长期施用硝酸铵、磷酸铵以及复合肥等，都会使得土壤中的危害元素飙升，进而加剧土壤的酸化程度。
最后，长期施用化肥容易导致土壤的养分失调。
在很多人的观念里都认为，只要施用高浓度的化肥就会让农作物得到相应的更高的经济效益，但与此同时，也会带来更多的问题，比如高浓度肥料的施用，在增加农作物产量的同时，也会加大土壤中微量元素的耗竭，进而造成严重的环境污染。